El 4 de mayo de 1897, en la Iglesia San Felipe Neri de los Padres Jesuitas de la ciudad de Riobamba, a las 6 de la mañana se cometió el más horrendo sacrilegio, de la historia Republicana del Ecuador, las huestes antirreligiosas del gobierno del Gral. Eloy Alfaro, entraron en la capilla y rompiendo el sagrado tabernáculo profanaron la Sagrada Eucaristía.
A raíz de este nefasto acto de irrespeto a lo sagrado, la Madre Francisca de las Llagas Cornejo, quiteña de nacimiento, con firme voluntad e intenciones, se reunió con sus compañeras el 4 de junio de 1897 en el convento de San Diego de la ciudad de Quito con el propósito de dar inicio a un nuevo instituto de vida religiosa que repare la ofensa a su Divina Majestad.
Han pasado 116 años de fundación de la obra franciscana que bajo el carisma de “Adorar, Reparar y Servir” se realiza dentro y fuera del Ecuador. En la actualidad, el Instituto de las Hermanas Franciscanas Misioneras de la Inmaculada cuentan con Centros Educativos, Centros de Espiritualidad y Casas Pastorales a nivel nacional y fuera de tierras ecuatorianas, en el que desde la práctica de los principios evangélicos se imparte educación católica y franciscana, en bien de la Iglesia y la sociedad.
Así como también el acompañamiento y servicio en las jornadas de ejercicios espirituales, además de su desempeño como misioneras y evangelizadoras en distintos lugares donde el Señor las ha llamado.